Οι αμυγδαλές είναι μια “μάζα” λεμφικού ιστού. Μοιάζουν με τους λεμφαδένες που έχουμε στο λαιμό, τη μασχάλη και άλλα σημεία του σώματός μας. Ο ρόλος των αμυγδαλών δεν είναι τελείως ξεκαθαρισμένος. Φαίνεται να σχετίζονται με την άμυνα του οργανισμού μας, αφού έχει βρεθεί ότι περιέχουν ειδικά κύτταρα εναντίον των μικροβίων και των ιών αλλά και ότι βοηθούν στη παραγωγή αντισωμάτων. Αυτό ισχύει ιδιαίτερα τα πρώτα χρόνια της ζωής. Στη συνέχεια, όσο το παιδί μεγαλώνει, ο ρόλος των αμυγδαλών μάλλον γίνεται λιγότερο σημαντικός και τον ρόλο αυτό αναλαμβάνουν άλλα σημαντικά όργανα.
Παρά την αναγνωρισμένη συμμετοχή τους στο αμυντικό σύστημα του οργανισμού, τα παιδιά στα οποία έχουν αφαιρεθεί οι αμυγδαλές δεν έχουν ελαττωμένη αντοχή στις λοιμώξεις σε σύγκριση με αυτά που δεν έχουν υποβληθεί σε αφαίρεση των αμυγδαλών, αντίθετα, λόγο αφαίρεσης της εστίας, η συχνότητα των λοιμώξεων του αναπνευστικού μειώνεται.